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無論是肝內膽管還是肝外膽管，包括膽總管或膽囊內結石，都不提倡做體外碎石。因為即使是體外碎石，結石破碎以後變小，由於結石在膽管裡邊，結石排出去的途徑必須要經過膽管跟胰管的共同開口，也就是十二指腸乳頭部位。在膽管和胰管共同開口部位有奧狄氏括約肌，有個門的作用，要經過這扇門相對比較困難。
ERCP是通過內鏡從口腔進入到十二指腸，在十二指腸乳頭通過取石鉗或取球囊等一系列方法把膽總管結石取出來的過程，叫做ERCP手術。這種方法是比較微創的手術，在膽總管結石或膽道結石引起膽總管梗阻的情況下，必須要取石的狀態下，通過ERCP取石比較好，因為畢竟這是微創操作方法。如果ERCP不能取石或操作失敗，就需要解決疾病狀態，需要通過腹腔鏡手術甚至開放手術方式來進行取石治療。ERCP取石會帶來一定問題，如十二指腸乳頭有奧狄氏括約肌，在ERCP取石時，必須要做奧狄氏括約肌切開。一旦切開之後，十二指腸腸液容易從腸道反流到膽總管，引起膽道感染。由於一旦切開之後，門的作用減弱或消失，十二指腸液反流到膽道引起膽道感染的機會或概率會大大增加，會帶來一系列後續影響。如果膽道感染之後，容易再引起膽道內結石、膽管內結石。因為有些膽總管結石不是膽管本身產生，而是膽囊內結石經過膽囊管跑到膽總管，而不是膽管本身產生。所以如果結石取掉以後或經過治癒以後，如果奧狄氏括約肌完整，其實不太容易產生膽管內炎症，引起膽管結石。如果一旦ERCP操作以後，可能會引發後續問題。其實膽總管結石一旦引起梗阻這是急性情況，會帶來比較嚴重的後果如黃疸，如炎症引起的肝功損害，出現黃疸。經過ERCP取石通過比較小的代價達到治癒作用。在ERCP取石時，醫生會根據病人的石頭大小、情況，採用不同方法，如做小切開方法可能會對奧狄氏括約肌損傷比較小。做大切開的方式奧狄氏括約肌損傷比較大，門的作用會完全喪失。現在通過腹腔鏡進行膽總管取石的方法可以避免把門的作用破壞，也是比較不錯的方式。雖然也是微創治療，但是治療複雜程度或創傷要比ERCP方法稍大，膽總管擴張的病人經腹腔鏡取石較好。
微創治療主要包括ERCP方式、腹腔鏡方式，肝內膽管結石包括兩部分，Ⅰ級膽管結石以及Ⅱ級以上的膽管結石，需要分別對待。ERCP只能取到Ⅰ級膽管結石，而在分支以下的結石沒法取。所以ERCP的微創治療只限於Ⅰ級分支肝內膽管，即左右肝管或肝總管或膽總管結石，可以通過ERCP方法來取。腹腔鏡也是微創治療，可以通過腹腔鏡手術取石，通過腹腔鏡下進行膽道鏡檢查，可以把Ⅰ級到Ⅱ級以下的膽管結石取出。
內鏡下乳頭括約肌切開取石是目前公認的膽管取石首選方法。一般情況下，ERCP可以治療大多數膽管結石，結石一次性清除率可達89%-95%，與結石的性質、大小、數量等因素有關。
逆行胰膽管造影術目前有鎮靜和全麻兩種，患者可以選擇在鎮靜狀態下或者全身麻醉下進行檢查治療。具體的操作過程是患者取俯臥體位，將十二指腸鏡經口插入，依次通過食管、賁門、胃、幽門到達十二指腸降段，暴露十二指腸乳頭，經活檢孔 道插入器械，經乳頭插管注入造影劑，在X線下顯示胰膽管病變，明確診斷。
逆行胰膽管造影術是目前臨床上檢查胰管和膽管情況常用的方法，也可以用來做相關的治療。在逆行性胰膽管造影術基礎上的相關介入性治療也叫做治療性ERCP，包括內鏡下乳頭括約肌切開術、十二指腸乳頭成形術、取 石碎石術、胰膽管引流術、胰膽管支架引流術、胰膽管擴張術、胰腺囊腫引流術等。通過以上的介入性治療，使得原來需要外科手術治療的某些膽胰疾病避免手術的痛苦，甚至有些患者無法耐受外科手術，可以選擇ERCP，它具有安全、高效、創傷小，縮短住院時間等優點，深受廣大患者的歡迎。
肝左葉膽管結石，需要根據結石的大小、位置、數量以及肝左葉的情況決定具體處理方式。如果是單發的結石，合併有膽管結石，可以通過在手術過程中順便把肝左葉的結石取掉。如果肝左葉結石是多發，形成感染或者導致肝左葉萎縮，建議把肝左葉切除。
膽總管結石復發其實是膽總管內再有結石，從而引起膽管炎症，導致患者出現和最初膽總管結石一樣症狀。所以，膽總管結石復發症狀主要包括腹痛、黃疸、寒戰、高熱等。出現復發以後，還需要注意復發 原因，是否在膽汁形成過程、膽汁排洩當中出現原發疾病，沒有得到良好治療。
膽結石在我國是常見疾病，膽結石分為膽囊結石、膽總管結石、肝內膽管結石。根據結石有沒有鈣化，又分為陽性結石和陰性結石。對於不同部位、不同性質結石，採取不同檢查方法，具體如下：