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肝膽管結石的治療，現在多采用微創方法，具體如下：1、如果結石位於肝內，可以通過腹腔鏡進行肝切除，或者腹腔鏡膽管切開進行取石；2、對於這種肝外的膽管結石，現在往往採用的是經過口腔，然後進入十二指腸鏡，逆行插到膽道里，進行ERCP或者EST取石， 這種情況下，一般可以不用放引流；3、外科採用的方法，實際上也像切膽囊一樣，從肚子上打幾個小眼，然後把膽管切開，把石頭取出，取出來之後，根據情況會放T管，把膽道進行引流，或者直接進行縫合，然後不放T管；這兩種情況下都會放引流管，防止有膽汁漏出，一般經過3天，如果引流沒有東西，就可以拔除。
對於十二指腸鏡取膽管結石，其是有一定優勢，優勢主要是不用全身麻醉，不用再從肚子上開口，不用把膽道切開，直接從自然的十二指腸膽道開口逆行插管，就可以進行取石。因此其創傷相對較小，對於不適宜麻醉的，或者年齡大 的病人，會有其優勢。但是也有其劣勢，多數情況下要切開十二指腸乳頭，術後有些病人會有反流性膽管炎。
任何手術都可能造成疼痛，微創手術疼痛較輕。保膽手術即於膽囊處做小切口取出石頭，然後把膽囊用可吸收線縫好，膽囊仍然存在。其手術操作過程簡單，對於組織損傷更小，滲出組織、液體更少。因此，手術後相對不疼痛。
肝內基本無痛覺神經，肝膽管結石一般不會引起局部膽管的痙攣收縮，可無疼痛。但部分患者壓力高的情況下可有症狀，形成局部高壓刺激肝包膜，出現隱痛，有的時候可有輕微脹感。但是不會有典型膽絞痛症狀，也不會有胃腸道的痙攣疼痛。
預防膽管結石的復發，最關鍵是手術避免損傷膽管。膽管一旦損傷，將來會有狹窄，必然產生結石。如果膽囊引起結石，患者需提前治療膽囊，不要等發生膽管結石、胰腺炎後再進行治療。胰腺炎有時也會引起膽管狹窄，容易出現結石，所以是預防為主。