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腦血栓後遺症期表現為肌肉強直、關節活動度下降，包括偏癱肩，針灸治療效果不錯，特別是偏癱肩，跟肩周炎差不多，偏癱之後肩部關節疼痛，舉不起來，伸不開，採用針灸改善局部肌肉痙攣後有一定緩解效果。
腦血栓的康復訓練應儘早進行，只要患者意識清楚、生命體徵平穩、病情不再進展，48小時後就可以開始康復訓練。訓練原則遵循由簡單到複雜、由易到難、由肢體近端到遠端循序漸進的方法。腦血栓胳膊不能動，住院期間應該注意保持上肢的良好 位置，患手應該張開手，手中不應放任何東西，避免讓手處於抗重力的姿勢。
腦血栓後遺症包括肢體運動和感覺障礙、言語不清、吞嚥困難、卒中後抑鬱等。針對這些後遺症的康復治療包括康復醫療處置、物理療法、作業療法、言語治療、心理治療和矯形器治療等，康復醫療處置主要指處理康復腦卒中患者的各種臨床問題。物理治療強調通過反覆訓練包括運動訓練改善患者的活動能力，使患者能夠獨立翻身、起坐，站立和行走等，物理治療包括電療、光療、磁療、水療等。
腦血栓後遺症分輕、重，比較輕的後遺症一般可以治癒。腦血栓後遺症期指腦血栓發病1年以後的時期，其恢復速度和程度較恢復期均明顯減慢。腦血栓後遺症專業上稱為腦梗死後遺症，腦梗死後遺症最多見的症狀是一側肢體無力、偏身感覺障礙或者言語功能障礙， 也可以有認知障礙、吞嚥困難、平衡障礙、卒中後抑鬱等症狀。一般腦梗死後遺症的治療是在控制危險因素基礎上以針灸康復為主，對肢體無力比較輕微的患者，後期進行康復鍛鍊可以恢復肢體功能，但是對於癱瘓比較嚴重的患者多數會遺留後遺症，很難治癒。
對於腦血管正常的人來說，低血壓一般不會引起腦血栓。高血壓在臨床上常引起心腦腎等重要臟器損害而備受重視。世界衛生組織對高血壓的診斷標準有明確規定，但是低血壓的診斷尚無統一標準。一般認為成人測量上肢動脈血壓低於90/60mmHg即可診斷低血壓，而低血壓一般不會導致腦血栓。對於腦動脈粥樣硬化或者狹窄患者來說，低血壓尤其是慢性低血壓會加劇腦供血不足，在此基礎上遇上突發事件如大量出汗、腹瀉等，可以引起血容量降低、血壓快速下降，這時可以導致腦血栓，進而出現腦功能異常。
由於個體以及其他差異，不論是人群大數據分析，還是實驗室研究，都很難完全證實飲酒的利弊。但是已經明確飲酒可以誘發腦血栓，人的飲酒量與腦卒中的發生率呈正相關，嗜酒者飲酒量不同，發生腦卒中的類型及預後也不相同。