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巧克力囊腫雖然可以被治癒，但是術後也存在復發的可能。巧克力囊腫的復發原因主要為手術時，通常僅剝除肉眼可見病灶，而肉眼不可見等潛在病灶無法去除。且巧克力囊腫發病原因不明，可能為幹細胞生髮而來，或者為在位內膜轉移而來。因沒有遏制住源頭，故巧克力囊腫術後可能出現復發。
巧克力囊腫破裂屬於婦科急腹症，主要表現為腹腔里布滿巧克力色液體，當囊內液流出後可刺激盆腔，可以造成腹痛、盆腔疼痛，應積極就醫。上述情況通常出現在婦科急診中，需要進行急診手術治療，通過腹腔鏡探查，對囊腫進行剝除術。
巧克力囊腫術後，通常可以注射GnRH，即促性腺激素釋放激素。巧克力囊腫手術是經典的治療方法，尤其是腹腔鏡手術。雖然手術可以治癒巧克力囊腫，但因巧克力囊腫不能徹底根治，所以術後需要進行藥物治療。
我國指南和世界其他各國指南中明確說明，卵巢巧克力囊腫在＜4cm時，可以採取觀察隨訪。通常在不影響受孕情況下，此類患者也可以積極受孕。但巧克力囊腫＞4cm以後，則主張進行治療，可以通過手術治療完整剝除囊腫，也有利於術後受孕。
子宮內膜異位囊腫，因做手術時囊腫會不可避免的破裂，流出陳舊性血跡很濃稠，流出液體特別像巧克力，稱為巧克力囊腫。不是病人得病後長出巧克力，只是陳舊性出血類似巧克力物質。
卵巢巧克力囊腫治療時間需要結合卵巢巧克力囊腫的大小，是單側還是雙側，還有患者的年齡，患者是否存在生育要求等因素決定具體治療方案。如果卵巢巧克力囊腫直徑＜4cm，患者又沒有任何症狀，也沒有生育要求，可以暫時觀察。如果卵巢巧克力囊腫直徑＞4cm，建議進行卵巢巧克力囊腫的剔除手術，但如果有生育要求，又合併不孕症的情況下，不建議進行卵巢囊腫的剔除手術，可以在進行取卵之後再考慮進行卵巢囊腫的穿刺治療。如果卵巢巧克力囊腫＞4cm，患者沒有任何生育要求，在月經乾淨之後7-8天左右的時間，進行腹腔鏡巧克力囊腫的剔除手術。卵巢巧克力囊腫治療方案相對比較複雜，不單單是手術治療之後即可，因為複發率很高，往往是手術治療或穿刺治療之後，還需要配合藥物治療來預防復發。具體應用哪種藥物預防復發，要看患者是否存在進一步的生育要求和她的年齡。如果是接近絕經期的年齡，可能預防復發的藥物應用時間會比較短，預先應用一些孕三烯酮就可以。如果年齡還比較輕，在40歲左右，預防復發的藥物可能會建議選用GnRH-a類的藥物，建議應用3-6個月來預防巧克力囊腫的復發。
卵巢巧克力囊腫由子宮內膜異位症引起，是子宮內膜異位症的一種表現。巧克力囊腫對妊娠、對患者的體徵都會造成影響，根據具體情況可以選擇手術治療。如果囊腫＜4cm以下，患者沒有明顯的症狀，或者沒有生育要求、沒有引起不孕，可以觀察，暫時不需要手術 ；若巧克力囊腫＞4cm，或者影響懷孕，導致不孕，建議行手術治療。
卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。子宮內膜異位症常見的臨床表現有經期腹痛，這種腹痛的特點是進行性加重，月經期出現。有的人會隨著時間推移，症狀越來越明顯，有的可以在來月經前期即出現腹痛，月經乾淨以後消失。另外的臨床表現就是月經量增多，還有不孕等。卵巢巧克力囊腫引起痛經的機會比較少，如果有痛經，可能合併有盆腔子宮內膜異位症，行卵巢巧克力囊腫剝除術，巧克力囊腫仍有復發的可能，手術以後仍有痛經的可能。
卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。正常的子宮內膜應當生長在宮腔內，因某種原因子宮內膜異位到卵巢上，隨著每個月子宮內膜都會有出血，在卵巢表面的出血越來越多即可形成囊腫。時間一久，血液呈巧克力樣的顏色，俗稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫若反覆出血，會對卵巢功能造成影響，導致周圍組織粘連。若發生輸卵管粘連可影響懷孕，應考慮手術治療。手術治療以後仍然有自然懷孕的可能。
巧克力囊腫的醫學術語叫做卵巢的子宮內膜異位症囊腫，其實質就是子宮內膜異位症。對於子宮內膜異位症，病因現在還沒有統一的回答，可能是經血逆流導致。子宮內膜一般在宮腔裡，但是如果活性內膜因為各種原因，比如血管逆流到別的位置，就形成子宮內膜異位症。如果到 子宮肌層就叫子宮腺肌症；如果到卵巢形成了囊腫，叫做子宮內膜異位囊腫。所以病因不是很確切，患者一般會出現痛經，婦科查體的時候，做B超會發現卵巢上有包塊，影像學可能會有細沙狀的改變，抽血化驗可能CA125會有輕微上升。如果出現以上情況，應該及時就診，進行保守治療還是手術治療，應根據每個人的情況制定計劃。
卵巢巧克力囊腫是比較通俗的說法，在醫學上叫做卵巢子宮內膜異位囊腫。因為囊腫囊液像巧克力的顏色，很濃稠，所以由此命名。患者不用太緊張，根據囊腫的大小，及患者本身需求，有很多處理辦法。如果患者有生育的需求，囊腫比較大或者患者試孕一段時間還 沒懷孕，考慮囊腫導致的不孕，可能就需要做腹腔鏡治療，把囊腫剝除。如果囊腫非常小，比如1-2cm也沒有任何症狀，患者也沒有生育要求，各項檢查沒有提示異常，也沒有短期內迅速長大的可能，完全可以密切隨訪，不用著急手術治療。如果有症狀，比如痛經，對症處理就可以。
巧克力囊腫是一種俗稱，因為巧克力囊腫的囊液流出來像巧克力一樣，有的比較稀薄，有的比較黏稠，所以叫巧克力囊腫，醫學名稱其實叫做子宮內膜異位，就是卵巢子宮內膜異位囊腫。女性懷孕宮腔一定要正常，內膜要好，排卵好，而排卵是通過卵巢實現，且抓卵子的途徑要好 ，即輸卵管。巧克力囊腫長在卵巢上，對卵巢排卵會有一定影響，影響是多少與囊腫大小和病變程度有關。如果巧克力囊腫不是很大，只有1-2cm，整個盆腔狀況非常好，沒有粘連，沒有水腫、慢性炎症，即使患者有子宮內膜異位囊腫也可以正常懷孕。如果出現子宮內膜異位囊腫，患者試孕半年或一年還沒有懷孕，排除其它因素後，需考慮是囊腫導致，可採取手術治療。