小頭畸形無法完全治好，但是有的治療方法可以幫助頭顱發育並防止併發症的發作。如果患有輕微的小頭畸形，需要定期檢查，檢測生長發育情況，如果是病情嚴重的兒童，需要終身治療控制其症狀。有些小頭畸形合併癲癇，可能會危及生命，醫生會探討治療的方法控制他的癲癇發作、保證他的安全並提高他的生活質量。
另外，如果小頭畸形在比較嚴重，要進行相應治療，如果合併癲癇發作，要控制癲癇，採取相應的癲癇藥物，採用言語配合治療，物理治療和其他的治療。一般的小頭畸形最終的情況可能是會導致大腦停止生長發育，輕微的小頭畸形可能沒有什麼其他問題，在青春期後會正常增長，並且隨著年齡的增長，會達到適合年齡的各類生長發育的需要。如果小頭畸形比較嚴重，會出現嚴重的併發症，需要定期複診，擇期採用手術治療。