先天性食管閉鎖患兒唾液不能下嚥，反流入口腔，生後即流涎、吐白沫，伴有嗆咳、咳嗽、呼吸困難、窒息、氣促、紫紺等，可損害消化系統、呼吸系統，嚴重者導致死亡。
一、典型症狀
1、唾液不能下嚥，反流入口腔，出生後即流涎、吐白沫。
2、每次哺乳時，Ⅰ型和Ⅲ型病人由於乳汁不能下送入胃，溢流入呼吸道；Ⅱ型及Ⅳ型和Ⅴ型病患則乳汁直接進入氣管，引起嗆咳、嘔吐，呈現呼吸困難、發紺，易發生吸入性肺炎。食管下段與氣管之間有食管氣管瘻的Ⅰ型和Ⅳ型病例，則呼吸道空氣可經瘻道進入胃腸道，引起腹脹，同時胃液亦可經食管氣管瘻反流入呼吸道，引致吸入性肺炎，呈現發熱、氣急。
3、由於食物不能進入胃腸道，患者呈現脫水、消瘦，如不及時治療，數日內即可死於肺部炎症和嚴重失水。體格檢查常見脫水徵象，口腔內積聚唾液，併發肺炎者肺部可聽到囉音，炎變區叩診呈濁音。
二、其他症狀
部分患兒可出現腹脹，因空氣由氣管經食管進入胃內。