治療睡眠障礙症的藥物包括苯二氮卓類、非苯二氮卓類、巴比妥類，以及褪黑素和褪黑素受體激動劑、抗抑鬱藥等藥物。苯二氮卓類藥物應用相對來說比較廣泛，可以縮短入睡時間，減少覺醒時間和次數，增加總睡眠時間，常見的代表藥物包括地西泮、硝西泮、艾司唑侖等。非苯二氮卓類藥物包括唑吡坦、佐匹克隆、右佐匹克隆、扎來普隆等，這類藥物僅有單一的催眠作用，沒有肌松以及抗驚厥的作用，優點是快速起效，沒有第二天的宿醉作用。巴比妥類的代表藥物是苯巴比妥，臨床上由於耐受性、依賴性的問題，應用相對較少。褪黑素和褪黑素受體激動劑類主要是改善時差的症狀，調節晝夜節律失調性睡眠障礙效果相對來說比較好，褪黑素受體激動劑可以應用阿戈美拉汀。抗焦慮藥物包括選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑，以及多塞平、米氮平等藥物來治療睡眠障礙。