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腦梗和腦栓塞是不同的概念，腦梗也稱為腦梗死，包括腦栓塞以及其他類型的腦梗，比如腦血栓形成以及血流動力學異常引起的梗死，所以腦梗和腦栓塞是叢屬關係。腦栓塞主要是因為栓子導致供血的動脈出現急性閉塞或狹窄，而出現了一系列臨床表現。
腦栓塞和腦血栓治療上，醫生會感覺到最有成就感，因為病人昏迷抬到手術檯上，甚至有的人上了呼吸機，到手術檯上完全沒有意識，病人接近於死亡，將血栓拉掉，讓血流恢復通暢，5分鐘左右病人即可以從深昏迷完全清醒，不到10 分鐘病人語言和肢體活動功能都可以完全恢復。由於病人前期有腦缺血的一定損傷，一般患者要在1-2天以後才可以下床活動，即1-2天可以完全恢復到正常生活和正常工作。
如果患者出現急性腦血栓、急性腦梗塞、急性腦出血、頭部外傷造成頭腦神經損害，急性期後進入恢復期，恢復期的最佳時間是急性創傷以後3-6個月，一定要抓緊這段時間進行康復。用藥是很重要的方面，可以選用有利於腦部神經改善的中成藥，比如培元通腦膠囊、華佗再造丸等。還有最重要 的恢復方法一定不要忘記康復，是非藥物療法，但在恢復腦神經的過程中發揮著比藥物還要重要的作用，通過自身或者他人的協助進行肢體功能、吞嚥功能、語言功能的訓練。腦神經損傷以後恢復的方法，主要有服藥與康復治療兩種方法。
阿替普酶特異性溶解血栓的藥物，英文縮寫是rt-PA，商品名是愛通立，也就是阿替普酶。靜脈溶栓通過靜脈輸液的辦法把溶栓藥物輸注到血液循環中，通過循環到達閉塞和阻塞血管的部位，溶解血栓、使血流再通。常選用的藥物是阿替普酶。阿替普酶從1995年美國NINDS研究證實急性缺血性卒中，靜脈溶栓是最有效的治療開始。目前接近20多年的發展，已是多國的腦卒中急性期救治指南里一級推薦的、最有效的溶栓藥物。
心源性腦栓塞在磁共振MRI檢查方面和其它類型的腦梗塞一樣，急性期表現為磁共振DWI序列的高信號缺血病灶，也有不同於其它類型腦梗塞的特點，常常會看到不同動脈供血區不同的腦梗死病灶，如前後循環同時梗死、雙側同時梗死，另外，還有新鮮的梗死灶與陳舊的並存，叫做空間多發、時間多發，這是心源 性腦栓塞磁共振表現最經典的特點。梗死常常累及皮層，也可以在皮層下、丘腦或者腦幹，在磁共振腦血管成像，可以表現為大腦中動脈閉塞，這種腦栓塞堵塞大血管，往往病情重、症狀重，在MRI上面都可以表現出來。醫師根據特殊的磁共振腦血管表現，往往會在發病的急性期就考慮使用神經介入手術，把大的栓子從大腦中動脈中機械取栓取出來，血管就能夠再通，明顯的改善腦栓塞的病情和預後。
心源性腦栓塞，因為每個病人梗塞的面積不一樣，栓子來源、大小不同，所以病情的輕重差別非常大，需要神經科的醫生根據病情情況採取綜合治療，不存在單一的效果最佳的首選藥物。在心源性腦栓塞的超急性期，即發病後六小時，應該儘快使用溶栓藥物，如臨床上目前常用的阿替普酶、 尿激酶，神經科醫生會根據病情選擇合適的溶栓治療，爭取儘快溶解血栓。對於比較大的血栓，藥物難以溶開時，儘快進行神經介入手術機械取栓，把栓子取出來，血管就通了。溶栓或取栓後，在急性期根據情況給予抗血小板聚集藥，如阿司匹林、氯吡格雷，抗凝藥如華法林、利伐沙班，還有神經保護劑，改善循環的中成藥也有一部分作用。