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肝內膽管結石需先經CT或者核磁評價，再決定是否需要治療。雖然也有肝內膽管結石常年刺激，引起肝內膽管癌變的病例，但是關鍵看部位、大小、病人的症狀，比如在肝右葉較小、散在，經過定期觀察，大小沒有變化，病人也沒症狀，化驗腫瘤標誌物如CA19-9沒有高，可以觀察，無需 治療。
肝內膽管結石患者早期可無明顯臨床症狀或者出現上腹部飽脹不適，一般不會引起患者重視。隨著病情進展，其主要臨床表現為上腹部疼痛，疼痛常放射至右側肩背部，急性發作時可伴有畏寒、發熱並出現黃疸，腹部體格檢查時肝區壓痛、叩擊痛明顯。經消炎等治療後，上述症狀可以大部分緩解，但會反覆發作，嚴重者可出現全身膿毒症狀以及感染性休克，後期可導致肝硬化，表現為腹水、黃疸、上消化道出血、肝功能衰竭等。
肝內膽管結石發生率比較高，經常會出現不適的症狀，若為肝內膽管結石，還需要手術干預。一種手術方式是內鏡取結石，另一種手術方式就是切除肝內膽管結石所在膽管區域的肝臟組織，手術視情況而定，不能一概而論。
任何手術都具有一定的風險，肝內膽管結石手術視兩種手術方式而定。如果是內鏡手術，風險很低，通過內鏡微創有利於肝臟的恢復，因為不損傷肝臟，肝功能不受影響，肝內膽管內鏡手術幾乎沒有風險。
肝內膽管結石是膽繫結石的特殊類型，肝內膽管結石是指發生在肝總管以上部位直至肝內的結石。此類結石常見於東南亞地區，包括我國。在國內地域多見於東南和西南部，而北方肝內膽管結石患者發病率較低。肝內膽管結石一旦形成，不可能自愈。部 分患者在體檢時發現肝內膽管有膽汁淤積，若懷疑有肝內膽管結石，應及時做CT或者磁共振檢查，明確是否患有肝內膽管結石。若只是膽泥和膽汁淤積，沒有形成明確的肝內膽管結石時，可以服用利膽藥及稀釋膽汁的藥物，從而幫助清理膽泥及膽汁淤積。此外，肝內膽管結石一旦形成無法自愈，一定要及時前往醫院就診。
肝內膽汁的淤積多與膽道系統排泌不暢有關，絕大多數與肝內膽管結石密切相關。這類疾病發生時，患者會出現肝區的疼痛。隨著症狀的加重，甚至會出現肝膿腫、發熱、噁心、黃疸，嚴重的還會出現感染性休克。所以對於這類病症，要早期診 斷和早期發現，防止膽道系統嚴重梗阻，造成肝臟的損傷和肝硬化。對於這類患者，要進行嚴密的跟蹤觀察，必要的時候需要進行外科手術治療，長期的治療多以內科控制為主，定期複查，嚴密巡視。
肝內膽管結石的手術方式，主要視其有無解剖異常而定。如果有解剖異常，比如肝內膽管結石合併有肝內膽管狹窄，且狹窄很明顯，侷限在一側肝葉，這時候肝內膽管結石的手術方式是進行肝部分切除，即在狹窄段內進行肝葉切除。如果肝內外膽管結石在手 術前通過核磁檢查，證實沒有肝內膽管狹窄，這時手術方式比較簡單，只需放置一個T管在膽總管，手術後再用碎石機結合膽道鏡，進行碎石處理，把肝內膽管結石中每一個分支的膽管結石都粉末化，使其從自然腔道排出，以上都是肝內膽管結石的手術方式。且肝內膽管結石也可採取做微創手術等，但是手術要注意以下原則：第一原則是取淨結石；第二原則是通暢引流；第三原則是解除梗阻。
肝內膽管結石手術後複發率是比較高的，複發率＞10%。肝內膽管結石是否復發，主要根據肝內膽管狹窄的處理方式、處理是否有效而定。如果肝內外膽管及狹窄沒有進行合適、有效地處理，則肯定會復發。解除肝內膽管狹窄是防止肝內膽管結石 復發的最重要舉措。另外，肝內膽管結石如果狹窄侷限於一側肝葉，手術時應將狹窄病變部位膽管連同肝臟一部分切除，如果肝內膽管結石狹窄不是很嚴重，是一種比較瀰漫的情況，可以用膽道鏡合併球囊擴張術，把膽道每個分支的膽管都擴張，再取淨結石。取淨結石和解除狹窄是治療肝內膽管結石、防止復發的必備條件。如果做不到這兩條，肝內膽管結石肯定會復發。
肝內膽管結石能否做微創手術，主要視醫院的條件、手術者的經驗、疾病的特點等而定。肝內膽管結石治療的最根本原則是，無論開放手術或者腹腔鏡微創手術，肝內膽管結石手術必須滿足兩個條件，即能否解除梗阻和能否取淨結石。如果 手術者能做到這兩條，該治療應該是很成功的。但無論採用哪種方式，必須解除梗阻，取淨結石。
肝內膽管結石主要是在肝內膽管，喝水和肝內膽管結石的排出沒有任何關聯，而且肝內膽管結石多半合併有膽管的狹窄，所以喝水排石這一說法並不成立。肝內膽管結石目前也沒有藥物可用，因為肝內膽管結石往往合併有狹窄，狹 窄和結石在肝內膽管結石的發病過程中是互相促進的，沒有什麼藥物可以預防肝內膽管結石的發生，唯一預防肝內膽管結石的做法就是把手術做好，做到取淨結石、解除梗阻這兩個原則，才能使肝內膽管結石達到治癒目的。
肝內膽管結石的症狀與結石的大小、位置、是否完全梗阻關係非常密切，所以不能單純以大小來看。因為肝內的膽管的分級、粗細不一樣，結石的位置也非常重要，最關鍵的問題是結石是否引起症狀。結石梗阻可引起膽管的擴張、膽道的感染，或者只是在主要的膽 管，還會引起黃疸。如果出現以上症狀，就要及時治療，不能單純以結石的大小來判斷疾病的輕重，或者需要不需要治療。要根據綜合情況來判斷，而不是單純靠結石的大小來判斷。總之，膽管都比較細，往往都在幾毫米以下，所以結石一般超過1cm，都要採取手術治療才能取出結石。單純靠溶石和排石的辦法不能解決問題。如果結石小，可以採用溶石的藥物、排石的藥物，或者是中藥疏肝利膽的藥物，可有非常好的效果。
肝內膽管小結石實際上是在體檢中比較常見的情況，症狀應該不嚴重，因為結石實際上是從膽管、肝總管到三級膽管的逆行發展。如果是單純的肝內膽管小結石，不伴有膽管擴張，實際上不需要臨床特殊處理，病人一般也沒有腹痛、發燒等膽道感染的表現。因此建議，如果發現肝內 膽管的小結石，在B超沒有發現膽管擴張的情況下，建議暫不做臨床處理，病人可以每3-6個月來醫院做複查。複查手段採用的是彩超，這是最常見的最多選用的一種手段。如果就診醫院的條件有限，可以做平掃CT來複查，觀察的主要目的是結石位置有沒有變化，有沒有繼發膽管擴張。如果病人出現膽管擴張，局部肝段萎縮，這時需要做臨床治療。