肝內膽管結石需先經CT或者核磁評價，再決定是否需要治療。雖然也有肝內膽管結石常年刺激，引起肝內膽管癌變的病例，但是關鍵看部位、大小、病人的症狀，比如在肝右葉較小、散在，經過定期觀察，大小沒有變化，病人也沒症狀，化驗腫瘤標誌物如CA19-9沒有高，可以觀察，無需治療。

如果位於肝左葉，積聚比較多，有症狀比如腹痛、黃疸、不定期發熱、寒戰，尤其是定期觀察中有CA19-9進行性增高，即使沒有症狀，也建議早期手術，因為有可能已經發生癌變。