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肝吸蟲病根據患者體重計算服用吡喹酮的量，由醫生根據體重評估，計算需服用總量，通常該量分成2-3天服用，必要時次月可再進行重複治療。因部分患者會出現胃腸道、心臟、神經系統副作用，通常嚴重的患者需住院，若病情較輕在家服藥，治療期間需有人陪同；無家人陪同情況下，建議住院治療；有肝腎疾病或精神症狀的患者，服藥期間需嚴密監測。此外，該藥孕婦禁用，產婦哺乳期間服用藥物，禁哺乳。
患腦血栓後，患者常表現為口眼歪斜、言語含糊、一側肢體無力，嚴重者可以出現癲癇、嗜睡、昏迷等症狀。發生腦血栓出現手、腳無力，應立即送到醫院去就診。因為在腦血栓發病4.5小時之內，有條件進行靜脈溶栓治療。如果溶栓成功，血栓可以很快溶解，患者手、腳無力症狀會完全消失，而達到臨床治癒。