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肝結石手術後可能復發，肝結石手術通常稱為肝內膽管結石手術，肝內膽管結石手術方式包括單純取結石，這種情況下複發率較高，因為導致結石形成的原因可能是肝內膽管先天性異常。所以如果是單純取出結石後，膽管結構異常沒有辦法改變，有可能在經過一段時 間後再形成結石，為在臨床過程中常見的一種情況。
肝內膽管結石如果無症狀，無侷限性膽管擴張的Ⅲ級膽管以上結石，一般可以不做手術，定期觀察即可。常見的肝內膽管結石手術包括肝葉切除，切除範圍包括結石所在部位、狹窄膽管、遠端擴張膽管、膽腸吻合術，膽管內切開取石還有肝移植。不同程度的肝內膽管結石手術方式不同，手術時間也不相同。手術比較簡單的肝內膽管切開取石，時間長度一般在1-1.5小時左右。如果牽涉到肝葉切除，術中手術範圍，手術操作更加困難，時間要增加，估計2-2.5小時左右。
若肝內膽管結石合併膽道狹窄、肝萎縮、膽管癌、肝膿腫、膽道出血，可考慮行肝切除，將長有結石的部分肝臟切除，才能將結石徹底切除。若肝內結石較少位置處於肝內較細的膽管，可利用膽道鏡在肝外膽管做切口，將肝內結石取出。若存在膽石、殘石，術後可利用膽道鏡通過竇道，將殘石取出或利用藥物進行化石，但效果不顯著。另外，減少飲酒及高脂飲食，可以降低肝內膽固醇和膽汁濃度，可以抑制結石形成，或進一步生長。
肝內膽管結石多大進行手術，一般臨床上無嚴格要求，主要根據有無症狀來決定。單純肝內膽管結石大小不是衡量手術的指徵，要看膽道結石分佈的位置、範圍，以及是否造成肝臟形態和結構的改變，具體情況如下：
肝內膽管結石和鈣化是兩種不同的疾病，肝內膽管結石或鈣化是指在超聲或者CT圖像肝臟出現強回聲或者高密度影，單從形態上很難區分結石或者鈣化。肝內膽管結石多伴有近側膽管狹窄和遠側膽管擴張，鈣化灶不合並肝內膽管擴張。
肝膽管結石手術時間很難判斷，簡單肝膽管結石手術時間僅需不到1小時，而複雜的肝膽管結石手術時間需要5-6小時，甚至一次手術無法完全根治，需多次手術才能完成。相比肝內膽管結石，大部分肝外膽管結石治療比較簡單，可通過膽總管切開膽道鏡取石或者內鏡ERCP方式進行，手術花費時間相對較短。少部分肝外膽管結石合併膽管下段狹窄者需行膽腸內引流手術，時間會相應增加。
肝膽管結石微創碎石主要是指膽道術後肝內膽管殘餘結石行膽道鏡取石。不同級別醫院，不同地區醫院收費標準不同，通常3000-4000元左右。部分複雜型肝膽管結石患者因為各種原因無法行手術治療，也可經脾、經肝膽道鏡取石，一次約7000-8000元。不同地區、不同級別醫院收費標準不一樣，沿海比內陸收費稍高。
肝膽管結石手術風險與手術方式有很大關係，膽管手術術式有大有小。肝內膽管結石通常術式複雜，比如肝葉切除、半肝切除，在手術過程中可能出現大出血，手術風險比較高。肝外膽管結石、膽囊結石手術也有風險，但是相對於肝內膽管結石手術風險相對較低。