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小兒煙霧病手術為開顱手術，具備常規手術風險，表現為出血、感染、腦脊液漏、皮瓣壞死、不癒合等特點。小兒煙霧病存在特有的術後併發症，由於存在腦梗或缺血缺氧頻繁發作，腦血流處於供不應求的狀態，且術前進食、情緒激動、恐懼等，以及手術對大腦皮層與腦血管的侵襲、手術不適引起的哭鬧等因素均可加重缺血缺氧症狀。約8%的早期小兒煙霧病患者術後引起缺血缺氧；經治療後約4%的患兒可遺留各種併發症。
顳肌貼敷手術是幾十年前的老辦法，是間接搭橋手術的一種，只是把顳肌貼到腦表面，對於成年患者而言，包括血管生成速度、各個方面形成的滿意度等，不如聯合血管搭橋手術。部分患者可能在術後三個月內，未等到間接血管生效時，可能又二次梗塞，顳肌貼敷手術的弊病遠大於聯合血管搭橋手術。
煙霧病和煙霧綜合徵患者的腦血管耐受能力，是所有腦血管病患者中最差的一類。因為這一類患者中，新生的是不正常、不健康的血管，尤其在兒童患者，所以在煙霧病患者圍手術期的管理就顯得尤為重要。在進行煙霧病患者的手術治療主要有三類。間接手術就是顳肌貼敷術，血管的直接貼敷手術或直接手術，包括血管的搭橋手術以及聯合手術，就是顳肌貼敷和血管搭橋手術聯合應用。手術後患者可能會發生的一些風險，包括腦梗死、癲癇以及局部腦組織高灌注，尤其現在局部腦組織的高灌注，得到越來越多的報道。直接進行血管搭橋以後，原來缺血的腦組織得到了很多的血液供應以後，患者可能會出現過多的血流灌注，患者可能會出現顱內出血，甚至會出現由於血流競爭，出現局部高灌注，全腦低灌注的矛盾狀態。為了治療這種局部高灌注、全腦低灌注，有的醫學中心提出來進行降低血壓的治療，但是對於未經治療的大腦半球可能會出現缺血的一些表現。所以有的臨床中心在煙霧病搭橋手術以後，會使用抗凝、抗聚集血小板藥物的治療，來減少吻合口血栓形成，其中阿司匹林最常用，但是使用這些藥物又會增加出血風險。因此，煙霧病和煙霧綜合徵的患者手術過程雖然是安全的，但是在圍手術期仍然會出現像梗塞、癲癇、再出血這類風險。
煙霧病手術本身是一種增加腦血流的手術，一般順利時沒有後遺症。很多病人會感到術後的狀態比手術前好很多，所以有後遺症多為手術併發症，在出血後或大面積腦梗塞後可導致較為嚴重的後遺症。尤其出血後，可能導致病人神經功能比術前嚴重的惡化，如偏癱、一側肢體麻木、大小便失禁均可存在。
部分患者在煙霧病手術後感到頭暈，因為顱腦手術後對大腦的血流乾擾可能造成頭暈，部分患者甚至出現眩暈，早期出現屬於正常現象。如果出院穩定一個月後反覆出現頭暈，屬異常情況，需到醫院進一步找醫生診治，判斷是手術原因還是手術後出現新情況，並根據具體病因進行治療。
煙霧病手術後頭疼需根據具體情況判斷，一種是手術刺激造成的疼痛，像顱骨切開、頭皮切開，手術後會疼痛一段時間，手術造成疼痛往往兩週內會逐漸緩解，早期會服用止疼藥，改善舒適性。