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陰莖短小最大的問題可能就是發育問題。在臨床上看，不同人種陰莖的發育是不一樣的，陰莖的大小也不一樣。但最關注的是勃起的狀態，而不是靜息長度。中國人陰莖長度約為6-7公分，直到10公分，這是靜息狀態。6公分可以接受，沒有問題，不影響生活。發育原因導致陰莖短小，從一開始就發育不良，可能是激素刺激不夠或者激素刺激的時機不對，最終造成陰莖比較短小。大家經常會說陰莖大小跟減肥有關係，臨床醫生認為跟減肥沒有太大關係，但是比較胖的人反而陰莖會顯得比較短小。其實不是陰莖短小，而是胖了以後會陰區甚至恥骨區因為有脂肪，顯得陰莖短小，而不是單純的陰莖短小。臨床上經常掌握的標準是靜息狀態6-7公分以上都是認為是正常的，不視為陰莖短小。主要問題是要把它理解為兩個問題，我們經常所說的是靜息狀態短小。但更有臨床意義或者在生活中更有意義的是勃起的狀態。靜息狀態短小，不一定會影響勃起狀態的長度，所以不必過分擔心。
陰莖延長術，是根據陰莖自身發育的情況選擇的手術，通常手術可以延長陰莖2-4cm。手術方式是將隱藏在皮下脂肪內的陰莖顯露，在恥骨聯合下方切掉懸韌帶，再將陰莖海綿體表面的纖維組織清除，從而使陰莖平均延長2-4cm。具體延長長度需根據個人情況、陰莖發育情況 而定。將恥骨結節外蓄積的脂肪清除，能夠延長陰莖外表長度。
對於陰莖延長手術的副作用而言，若患者的陰莖較小，則無法拉出，此時若強行拉出會導致陰莖相對不固定，在性生活時可能會左右搖擺。並且拉出陰莖也不一定會增加患者的勃起硬度或延長勃起的時間，僅發生形狀改變而功能未變。若手術失利還可 能會損傷血管而導致出血，甚至誤傷神經等重要結構而影響勃起功能，而且在傷口處理不佳的情況下會出現感染，導致遺留疤痕。
男孩生殖器較小臨床上需排除隱匿性陰莖及小陰莖。隱匿性陰莖是指陰莖隱匿於皮下的先天性畸形疾病，臨床特點是陰莖外觀與同齡人相比較為短小，呈鳥嘴狀或小山丘樣，嚴重者陰莖外觀僅為包皮，無正常陰莖形態。但用手指往後 推陰莖皮膚，可以顯露正常陰莖形態。隱匿性陰莖只是陰莖皮膚缺少，陰莖體海綿體發育正常，臨床需要與小陰莖進行鑑別。
陰莖長歪多數都屬於正常範圍，有的包莖患兒，包皮長得不均勻，有的患兒小便時其偏向一側，這屬於正常現象。真正的陰莖長歪指包皮扭轉、陰莖扭轉，一般扭轉90°之內都不會有問題。有的患兒較嚴重，因為正常陰莖包皮有繫帶，繫帶在腹側，有的患兒陰莖扭轉以後，繫帶可以轉到背側。