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甲狀腺腫的治療方法是多種多樣的，首先要判定甲狀腺腫的原因、程度。如果甲狀腺腫是生理性的，青少年引起或者妊娠期引起，通過簡單的碘攝入量增加就能滿足要求了，不需要藥物治療更談不上手術治療。如果甲狀腺腫是良性的，但是導致功能性改變，比如甲亢比較明顯需要手術；沒有甲亢但是有明顯的外觀上的影響或者有壓迫症狀，也需要手術治療。如果這些東西都沒有，單純性的良性結節，可以觀察不需要手術治療。另外一個比較常見的現象，甲狀腺腫大跟腫瘤是相關的，要優先考慮手術治療。甲狀腺腫大手術方式有很大差別，如果結節是侷限一側比較明顯，僅切除部分甲狀腺組織就可以了；如果比較大而且雙側都有，需要全甲狀腺切除；如果甲狀腺癌引起腫大，手術範圍不僅侷限於甲狀腺本身，可能還要做相應的淋巴結清掃等。甲狀腺是良性結節，同時也沒有功能上的改變、也沒有壓迫症狀、也不考慮有惡性變的情況，動態觀察、定期做超聲檢查就可以了。甲狀腺結節處於很緩慢的發展，甚至處於停滯狀態，不需要做任何手術干預。
甲狀腺囊腫，小的囊腫不需要摘除，比較大的需要手術摘除，手術摘除甲狀腺囊腫對甲狀腺功能的影響並不是很大，甲狀腺囊腫手術以後的副作用主要取決於囊腫大小和位置。如果囊腫比較小，原則上來講不需要手術處理。如果囊腫比較大或者比較靠後，甚至和周圍有某種程度的粘連，手術還是有一定的副作用的，有可能損傷喉返神經導致聲音嘶啞，也有可能損傷甲狀旁腺導致甲狀旁腺功能損傷等。甲狀旁腺囊腫是良性病變，也可以導致手術以後出血，甚至導致呼吸困難等。甲狀腺囊腫是囊性改變，非腫瘤性的，手術也不是絕對安全的。
甲狀腺疾病通常與個體遺傳性的自身免疫缺陷有關，在遺傳性的自身免疫缺陷情況下，如果後天感染某種病毒，而病毒和甲狀腺的親和力比較強，容易侵犯甲狀腺，導致甲狀腺自身免疫性破壞，引起甲狀腺疾病。後天的生活方式，如緊張、勞累、壓力、強烈的精神刺激、長期吃高碘類食物，都可以作為促發甲狀腺發生疾病的後天因素，因此家庭或家族裡有多個甲狀腺疾病患者聚集現象，說明甲狀腺疾病多半與遺傳性的自身免疫功能異常有關。
左旋甲狀腺素鈉片嚴格而言並不屬於激素藥，是簡單的化學藥。左旋甲狀腺素鈉片是人工合成的四碘甲狀腺原氨酸進行化學修飾，雖然稱之為甲狀腺素，但結構簡單，全稱為左旋甲狀腺素鈉片。主要針對甲狀腺激素分泌不足或甲 狀腺術後體內沒有甲狀腺激素者，並不歸為激素類藥。