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卵巢巧克力囊腫屬於贅生性囊腫，通常出現後難以自行消失，可以隨著女性每次月經逐漸長大。少數情況下，如果巧克力囊腫較小，如僅為1-2cm不影響妊娠，在女性懷孕後，可能對巧克力囊腫有一定治療作用，即分娩後複查時，發現巧克力囊腫已自行消失，但此情況 較少見。
通過熱敷小腹，不能使巧克力囊腫轉歸，但是可以增加局部血液循環，減輕患者的疼痛症狀，症狀減輕後可能會產生舒適感。巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢上的一種疾病，屬於器質性病變，且卵巢已經形成囊性增大的病變。
巧克力囊腫雖然可以被治癒，但是術後也存在復發的可能。巧克力囊腫的復發原因主要為手術時，通常僅剝除肉眼可見病灶，而肉眼不可見等潛在病灶無法去除。且巧克力囊腫發病原因不明，可能為幹細胞生髮而來，或者為在位內膜轉移而來。因沒有遏制住源頭，故巧克力囊腫術後可能出現復發。
強迫症的懷疑主要是過度的懷疑，過度追求完美，過度要求消除不可控因素，強迫性懷疑並不是以真假為判定標準，而是以是否過度、是否合理為判定標準。比如強迫症的患者，有可能會反覆懷疑自己的雙手，碰到了髒東西、身體髒了、門窗是否關好、站在高處的時候，會不會跳下去，也有人反覆懷疑拿著刀，或者其它危險物品的時候，會不會傷害到家人。有這樣的懷疑並非都是虛假的，而是有一定的道理，但是強迫症患者，最大的病根在於反覆懷疑、反覆確認，出現了過分的懷疑，和過分的尋求保證，甚至為了對抗強迫思維，出現很多反覆存在的行為、動作，比如反覆檢查門窗、檢查作業、洗手等。
巧克力囊腫破裂屬於婦科急腹症，主要表現為腹腔里布滿巧克力色液體，當囊內液流出後可刺激盆腔，可以造成腹痛、盆腔疼痛，應積極就醫。上述情況通常出現在婦科急診中，需要進行急診手術治療，通過腹腔鏡探查，對囊腫進行剝除術。
巧克力囊腫術後，通常可以注射GnRH，即促性腺激素釋放激素。巧克力囊腫手術是經典的治療方法，尤其是腹腔鏡手術。雖然手術可以治癒巧克力囊腫，但因巧克力囊腫不能徹底根治，所以術後需要進行藥物治療。