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巧克力囊腫可表現為CA125增高。大部分患者在發病初期症狀較輕時，巧克力囊腫較小，CA125可能沒有變化。CA125增高常見於重症子宮內膜異位症，或者是深部浸潤型子宮內膜異位症的患者。一般CA125增高範圍較為寬泛，對於輕度或者輕度升高CA125患者，可以先採取觀察治療。
卵巢巧克力囊腫由於是在卵巢上生長，所以可能影響卵巢的功能，影響卵巢排卵，所以會對月經有一定影響。部分卵巢巧克力囊腫患者，可以表現為月經不太規律或點滴狀出血，可能引起月經改變。
強迫症通常服藥2周左右才能會有明顯的效果，服藥4-8周才能將病情穩定下來。病情穩定以後還需要進行鞏固及維持治療，尤其是要考慮鞏固及維持半年左右。因為強迫症是非常容易復發的一種疾病，尤其是強迫症都有性格的缺陷，比如要強、完美主義。
強迫症的心理輔導肯定有效果，而且特別對輕度強迫症，或伴有情緒問題，有誘因的強迫症，心理治療應該佔主要的地位。同時也會用認知行為治療，認知行為治療也非常重要，會改變患者的強迫性認知，從而改變行為。
卵巢巧克力囊腫有時會發生破裂，在患者月經來潮時，巧克力囊腫裡面異位的子宮內膜也會出血，出血後巧克力囊腫的壓力增加，增加後表面可能出現破口，根據破口大小不同，症狀也有所不同，具體症狀分析如下：
度洛西汀可以用於治療強迫症，但是效果一般，這個藥物目前屬於治療強迫症的三線用藥。一線的治療強迫症的藥物是以下四種，也就是舍曲林、氟西汀、帕羅西汀和氟伏沙明。二線的藥物有三種，首先就是氯米帕明，另外兩種是西酞普蘭和艾司西酞普蘭，但是西酞普蘭和艾司西酞普蘭沒有獲得中國食品藥品監督管理局的批准，所以這兩種藥物一般在中國不能使用，而度洛西汀屬於三線用藥。
以往如果患者行卵巢巧克力囊腫手術，住院時間多在1周以上，而現在通常僅需住院3-5天即可。但根據每個患者體質不同，住院的時間長度亦有細微差別，但總體住院時間均明顯縮短。