無痛腸鏡屬於較為安全、可靠的檢查手段或方法，因屬於有創檢查，所以進行檢查前會充分進行全方位評估和考量。

例如患者年齡是較重要因素，如果超過80歲以上，需要充分評估心肺功能後才能決定是否進行手術。體型肥胖患者或頸部粗短，咽喉部插管困難，同樣作為風險大因素。患者本身如果存在哮喘或呼吸道感染急性期，不建議進行此類操作。