腸結核好發於回盲部，佔80%-90%，其餘依次為升結腸、迴腸、空腸、闌尾、橫結腸、降結腸、十二指腸、乙狀結腸及直腸。回盲部結核發生率高可能與以下原因有關：

1、含結核分枝桿菌的腸內容物，在回盲部停留時間較久，增加局部腸黏膜感染機會；

2、結核分枝桿菌容易侵犯淋巴組織，回盲部存在豐富淋巴組織，因此回盲部成為腸結核好發部位。

結核分枝桿菌進入腸道後，會定居於腸黏膜腺體深部，由吞噬細胞帶到黏膜下層，在集合淋巴結和孤立淋巴濾泡中形成特異性病變。結核病發展是人體和結核分枝桿菌相互作用的結果，經上述途徑獲得感染僅是致病條件，只有在人體免疫功能低下、腸功能紊亂造成局部抵抗力減弱時才會發病。