結合臨床症狀、體徵和實驗室檢查可以診斷腸結核。腸結核是由結核分枝桿菌侵犯腸道引起的慢性特異性感染，是常見的肺外結核之一，也是消化系統結核病中最常見的，大多繼發於肺結核，特別是開放性肺結核。

腸結核起病緩慢，臨床症狀不典型，如果發現以下症狀要考慮腸結核，中青年患者有腸外結核，特別是有開放性肺結核，同時伴消化道症狀，如慢性腹痛，以臍周及右下腹為主，腹瀉、腹脹或者便秘與腹瀉交替出現；右下腹包塊、局部腫塊或腸梗阻；同時伴有午後低熱、盜汗、乏力、消瘦等結核中毒症狀。此時應去正規醫院做進一步的檢查以明確診斷，比如實驗室檢查可有血沉加快、結核菌素試驗陽性、大便常規檢查隱血陽性、大便結核分枝桿菌塗片或培養陽性等；X線腸道鋇餐造影檢查發現跳躍徵、潰瘍等；結腸鏡檢查以及活檢發現乾酪性肉芽腫或結核桿菌。