由於腸結核起病緩慢、臨床症狀不典型，導致腸結核的診斷比較困難。腸結核的診斷要點具體如下：

1、中青年患者有肺結核和肺外結核病史，特別是有開放性肺結核的病史；

2、出現慢性腹痛、腹瀉、腹脹、便秘與腹瀉交替出現等消化道症狀，同時伴有午後低熱、盜汗、乏力、納差等全身結核中毒症狀；

3、臍周或右下腹疼痛，可觸及腫塊、索條狀物或壓痛；

4、有腸出血、腸梗阻、腸穿孔或急性腹膜炎等急腹症的表現；

5、實驗室檢查常有貧血、血沉加快、大便隱血陽性、結核菌素試驗陽性、血清免疫學檢查陽性、大便結核桿菌培養陽性等；

6、X線腸道鋇餐檢查對腸結核的診斷有重要的價值，鋇餐時可發現有腸壁潰瘍、充盈不佳、缺損、腸段有跳躍徵、腸腔狹窄、氣液平面等；

7、腸鏡檢查及活檢發現乾酪性肉芽腫或結核桿菌可確診。

腸結核的診斷比較困難，要注意與克羅恩病、潰瘍性結腸炎、結腸癌等疾病進行鑑別。