腸結核需正規抗結核治療，完全癒合後一般不易復發，故其復發幾率較小。且腸結核強調抗結核治療，而抗結核治療原則是早期、聯合、適量、規律和全程，強調早期診斷、早期治療。因為病變在早期滲出階段時候，完全可以治癒。

除早期治療外，一般需選擇3-4種抗結核藥聯用，同時注意副作用。早期聯合適量，每種藥劑量需足夠、規律，強調按天按頓、全療程服藥。如果未全療程服藥，症狀改善立即停藥，症狀改善並不代表腸鏡下結核已經完全癒合，如果過早停藥，容易復發。