大部分腸結核患者可治癒，強調早期階段即病變在炎性滲出階段，積極給予抗結核治療，同時需加強營養支持。一般早期、聯合、適量、規律、全程治療後，腸結核可以治癒。但如果病變發現較晚，整個腸壁已經明顯纖維組織增生、增厚或本身是增生性腸結核，腸腔有大包塊，腸道已經出現狹窄梗阻表現，病變較難短期內治癒。所以儘管也有治癒可能，但治療療程會明顯延長。

總的來說，腸結核治癒可能性較大，但一定要注意聯合用藥、足量用藥，患者需按照醫囑，按時按頓、全療程服藥，按期複查。因抗結核藥物存在副作用，如肝損害等副作用較重，所以一定要定期複查相關化驗，監測藥物副作用，同時在治療結束時做腸鏡檢查，觀察腸道是否完全治癒。