在抗結核藥物出現之前，腸結核預後非常差，死亡率很高。抗結核藥物在臨床得到廣泛應用以後，使腸結核的預後大為改觀，特別是對腸結核的療效尤為顯著。本病預後取決於早期診斷、及時治療，當病變尚在滲出階段的時候，經過治療可完全治癒，預後良好。除此之外，合理選擇抗結核的藥物，保證充分的劑量與足夠的療程是決定預後的關鍵。臨床治癒的標準是以複查結果為主，具體情況請到專業醫院明確診斷。