腸結核是由於結核分枝桿菌所引起的腸道慢性特異性感染病，屬於全身結核病的一種，合併和繼發於肺結核、腹腔結核等。能夠規範的抗結核治療是腸結核治療的關鍵，腸結核的治療方法如下所述：
1、保守治療：抗結核治療的方案一般選用四聯治療，應用異煙肼、利福平、乙胺丁醇以及吡嗪酰胺進行2個月強化期治療。在鞏固期，應用的是異煙肼、利福平、乙胺丁醇頓服，總療程達到1-2年左右；
2、手術治療：腸結核的外科手術治療，主要是針對併發症的處理。當出現完全性腸梗阻以及部分腸梗阻、急性腸穿孔與慢性腸穿孔瘻管形成時，通過內科治療未能癒合，同時伴有腸道大量出血，或者患者反覆腹痛、腹脹，診斷原因不明時，需要手術進行剖腹探查。
此外，腸結核的預後主要取決於早期診斷、及時抗結核治療，以及合理的應用抗結核藥物，保證充分的劑量和足夠的療程，患者腹痛、腹脹症狀能夠明顯緩解。抗結核治療1年左右，複查腸鏡以及腹部CT，若發現患者腹腔病灶比較穩定，可以考慮停藥觀察。但是停藥以後每年複查一次，複查的主要項目是腹部CT以及腸鏡檢查。