腸結核和克羅恩氏病，屬於完全不同的疾病，腸結核是因為結核桿菌引起，克羅恩氏病屬於特殊疾病，主要致病因素包括全身免疫力低下及特殊感染，甚至與遺傳因素相關。二者早期表現較為類似，基本均與消化道慢性感染有關。通過腸鏡檢查時相對可以鑑別，腸克羅恩氏病變可以累及整個消化系統，屬於多階段性改變，病程較長且異常反覆。對於單純腸結核，主要分佈在大腸和回盲部；腸結核患者較多存在結核疾病，但是克羅恩氏病，基本較少合併結核病；腸結核患者菌素試驗PPD值呈強陽性，而克羅恩氏病基本呈陰性或弱陽性。