腸結核治療主要以口服抗結核藥物為主，或輔以營養支持治療。因為結核病屬於慢性消耗性疾病，需取得大量營養支持，才能取得較好預後。如果通過內科保守治療無效，而患者繼發腸梗阻，甚至潰瘍、破潰，引起腹腔穿孔，造成腸之間的瘻道形成，則需進行手術治療。通過將部分病變腸管切除，如果累及到升結腸或結腸部位，可能還要進行右半結腸切除，對於腸梗阻範圍較大，甚至有合併腫瘤，或多發潰瘍，可能會在Ⅰ期進行造瘻，治療2-3個月後，待腹腔膿腫、潰瘍及各方面炎症消退以後，再進行Ⅱ期腸管還納，或消化道重建。