對於具有手術指徵的腸結核患者，需要進行急診手術。由於腸結核患者通常合併有腸道粘連，整個腹膜炎體徵相對較重，且術中出血較多，具體手術方式根據手術探查情況選擇，常規進行開腹手術。對於患者腹腔粘連很重，病變範圍較多，可能需要部分腸管切除。如果合併有腹腔巨大膿腫，不能在Ⅰ期進行手術，或Ⅰ期手術完成後很快發生腸瘻等情況，可以在炎症控制2-3個月之後，選擇Ⅱ期手術進行腸子還納。