咳嗽眼睛疼可能是感冒、角膜炎、結膜炎等疾病引起，具體情況需要根據患者的臨床表現和相關檢查來確定，在專業醫生的指導下對症治療。

1、感冒：通常是由於致病微生物感染所致，可能會導致劇烈咳嗽，咳嗽時眼房內壓力不斷增高，可出現眼睛痛，並伴有高熱、頭痛、乏力等症狀。患者可在醫生的指導下針對性服用磷酸奧司他韋、阿莫西林、鹽酸氨溴索等藥物進行治療；

2、角膜炎：多是由於角膜的防禦能力減弱，外界或內源性致病因素侵襲角膜組織所致，通常表現為眼痛、畏光、流淚、眼瞼痙攣等不良症狀，可能會出現咳嗽眼睛疼的情況。患者可遵醫囑使用頭孢地尼、妥布黴素等藥物進行治療，還可應用氟康唑滴眼液進行治療；

3、結膜炎：表現為眼部有異物感、燒灼感、眼瞼沉重、分泌物增多，可能會導致咳嗽眼睛疼的狀況。患者可在醫生的指導下使用更昔洛韋滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等藥物進行治療。