眼角膜移植後遺症主要為術後散光及排斥反應，術後散光不可避免，因被移植對象的角膜是通過縫線結合，所以會對角膜造成一定扭曲。如果散光較大，術後通過鏡片無法矯正，此時有必要進行角膜鬆解術，降低散光程度。

而術後排斥反應發生幾率較小，一般與術後感染有關，所以手術結束後需嚴格進行隨診，及時發現問題，避免不必要的排斥反應發生。且不同角膜移植手術，後遺症發生率不同。而穿透性角膜移植術術後的後遺症發生率相對較高，但兩種板層角膜移植和角膜內皮移植術後發生後遺症概率較小。