角膜移植術後恢復時間主要根據手術方式決定。穿透性角膜移植恢復時間較長，大概半年左右。因穿透性角膜移植主要針對全層角膜病變導致的角膜疾病，故術後存在較長恢復過程，所以在此期間需嚴格觀察患者值片情況，有無排斥反應、有無局部充血炎症等。患者術後時間半年左右，基本進入相對穩定階段。

板層角膜移植主要是針對角膜部分病變所採取的一種手術方式，恢復期較短，大概需3個月左右，患者即可進入相對穩定狀態。但無論何種手術均建議患者定期進行醫院隨訪，時刻監視恢復情況。如果患者恢復良好，術後排斥反應概率相應減小。