角膜炎自愈的可能性比較小，因為角膜炎分為感染性角膜炎和免疫性角膜炎，感染性角膜炎的病原體又分為細菌、病毒、真菌、支原體。通常感染程度比較輕的病毒性角膜炎可能自愈，但大多數感染性角膜炎需要進行治療。病毒性角膜炎和病毒性結膜炎不同，結膜炎可以有自愈的可能性，但是炎症一旦侵犯角膜，尤其是向深層組織進行浸潤，會繼發虹膜睫狀體炎等嚴重疾患。

另外，病毒性角膜炎可能會導致角膜局部混濁、浸潤斑形成，如果不及時進行治療，這種斑翳會在角膜上永久性存在。如果斑翳存在於瞳孔區，即光線進入眼內的部位，必然會引起視力下降。如果在急性期沒有及時控制，會形成瘢痕，即使病毒可以被消除，但是瘢痕卻不再消退，會影響到視力，所以建議角膜炎患者定期複查，遵醫囑用藥。