如果患者眼壓持續增高導致角膜內皮損傷，繼而可以引發大泡性角膜炎，此時可以給予降低眼壓的藥物進行處理，但通常效果比較差。所以對於大泡性角膜炎的治療原則是觀察患者是否有疼痛，如果疼痛比較嚴重，可以給予角膜層間燒灼破壞大泡。因為疼痛的原因是大泡破裂以後角膜神經暴露，如果角膜上皮癒合，神經不再暴露，疼痛也會緩解。

如果大泡性角膜炎發作的頻率比較高，可以進行層間燒灼或者睫狀體冷凍，使眼壓降低，但屬於破壞性手術，可能會使房水生成減少，視力會受到影響。另外，可以選擇進行角膜內皮移植。因為大泡性角膜炎是由於角膜內皮損傷導致，如果可以做角膜內皮移植，對於大泡性角膜炎則屬於治療的根本方法。