對於早期角膜真菌感染的患者，建議使用藥物治療，如納他黴素、伏立康唑。大部分患者經過藥物治療後，真菌感染可控制住，但是會在角膜上遺留瘢痕。如過在藥物治療半年以後沒有復發，患者可以再做角膜移植手術將瘢痕祛除。

角膜真菌感染是角膜感染性疾病中較為嚴重的一類，20-30年以前沒有特別好的藥物，可能有一半真菌感染的患者需要做眼球摘除。隨著新藥物的研發，伏立康唑、納他黴素、兩性黴素類均為較好的抗菌藥，現在大部分真菌感染可得到控制。