肺栓塞的抗凝治療一般要3-6個月的時間。但是很多肺栓塞患者不是單純僅僅有肺拴塞，同時會伴有下肢深靜脈血栓。這樣的患者一般建議口服抗凝藥物至少要6-12個月的時間。

針對伴有下肢深靜脈血栓的肺栓塞患者，在口服抗凝藥物之後，3個月、6個月、12個月按時到醫院複查，根據複查的結果，遵醫囑決定是否停用抗凝藥物，在停用抗凝藥物之後，是否需要繼續服用其他藥物防止血栓復發。