如果寄生蟲寄生在腦室，造成導水管阻塞，需要通過開顱手術完成腦室中寄生蟲的摘取，才可進行相應的藥物治療。寄生蟲主要是指囊蟲，腦囊蟲有可能會阻塞導水管，造成腦室擴大。如果不進行及時的手術干預，可能會出現腦室無限擴大，以至於形成腦疝壓迫中樞神經系統，直接威脅生命。

對於其它腦實質的寄生蟲，如曼氏裂頭蚴，由於是幼蟲在顱內進行盤踞，幼蟲的蟲體大概＜10cm，僅依靠藥物殺蟲治療不會取得非常好的效果，還有可能促進蟲體的竄動，形成蟲體的移行。如果判斷為曼氏裂頭蚴顱內感染，首選手術治療，切除顱內病灶，摘取曼氏裂頭蚴幼蟲，能夠達到較好的治療效果。其它的寄生在腦實質內的寄生蟲或者引起腦膜腦炎的寄生蟲，基本上均先採取藥物治療，若未危及生命或無手術指徵的情況下不採取開顱手術。