對於腦寄生蟲病，首先要明確是哪種蟲體導致的，選用相應的敏感藥物將其消滅。藥物將寄生蟲消滅後，在顱內遺留的病灶會逐漸進行機化或吸收，從而達到治癒的目的。但有些寄生蟲在顱內形成局部的包膜包裹，藥物治療效果不佳，此時需進行神經外科手術切除，病灶切除後也可達到治癒的目的。

寄生蟲病在顱內形成局部病灶時，用藥物治療有時效果並不理想，需要進行多個療程的治療，之後還需評判局部病灶是否對相應的神經系統造成損害，或者對腦神經有擠壓、壓迫症狀，必要時還需神經外科手術輔助治療。