寄生蟲腦病後遺症根據寄生蟲在腦實質裡移行的位置不同而不同。如果位於重要神經組織，會導致神經組織細胞壞死，產生相應的神經系統損害，經過治療寄生蟲被消滅後，或者經神經外科手術將寄生蟲感染病灶切除後，根據對腦神經造成的局部損害範圍來確定後遺症。

如果位於顱內較淺表部位，比如位於易導致癲癇發作的部位，此時即使經過藥物治療，患者也較易遺留癲癇後遺症。癲癇後遺症有部分患者需要較長時間使用抗癲癇藥物，或者使用神經外科手術方法來控制癲癇症狀。