治療寄生蟲腦病首先需要明確是由哪種寄生蟲引起的，常見的寄生蟲病如廣州管圓線蟲病、血吸蟲病、絛蟲病均有抗寄生蟲的相關藥物，如阿苯達唑、吡喹酮等藥物，但此類藥物需在醫生指導下使用，因為需要的藥物劑量大、療程長或需多個療程重複治療。如果寄生蟲在局部形成包膜，會導致藥物治療效果不佳。在經過相應藥物的治療後，若通過影像學檢查發現病灶有移動，則說明蟲體是活動的，此時還需其它措施如神經外科手術切除來進行干預治療。

寄生蟲在顱內移行過程中，還會造成腦細胞水腫，在使用抗寄生蟲藥物的同時，還需使用抗腦細胞水腫藥物，如甘露醇，甚至還需使用激素以減輕腦細胞水腫，進行輔助治療。