抗凝治療是肺栓塞的基本治療方式之一，而患者抗凝時間長短因人而異。若患者肺栓塞是由於口服雌激素、妊娠或短期內製動所致，此類危險因素可以較快去除，通常抗凝時間為3個月左右。但如果患者栓子來源不明或來自下肢深靜脈的血栓，通常抗凝時間為6個月。另外，如果患者肺栓塞屬於高危栓塞且引起肺栓塞誘因無法在短時間內去除，如先天性凝血因子障礙或惡性腫瘤引起肺栓塞，此時建議患者進行終生抗凝治療。

目前臨床上常用抗凝藥物是華法林，通過抑制維生素K活化，導致維生素K所依賴的Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ因子活動度下降，從而產生抗凝功效。患者服用華法林期間應密切監測國際標準化比值，也稱INR數值，通常希望患者在口服華法林後將INR值控制在2-3。若INR值過短通常提示華法林不足，患者有血栓增加風險，若INR值過長則提示華法林過量，可能增加出血風險。