纖支鏡取活檢的主要目的是為了明確結核、腫瘤等疾病的診斷，從而指導治療方法的選擇。一般在取活檢前，醫生要找到病灶部位，然後再採用相應檢查方法，如刷檢、鉗夾活檢、穿刺針吸活檢，這些所有的檢查都是在直視下進行的，而且隨著技術的發展，還可以採用另外一些先進的技術，像鏡下超聲、導航系統引導，可以精確到達病灶部位，採用一種或多種方法，最終取得滿意的、最有可能確診的細胞學或組織學、病理學標本，以幫助疾病的診斷。