慢性遷延性丙型病毒性肝炎的核心治療是抗病毒對因治療，現在只要HCV-RNA即丙肝病毒載量陽性，不管高低，如果患者有治療意願，一律應該接受抗病毒治療。抗病毒治療是既往一種比較成熟的治療手段，即干擾素加利巴韋林治療。後期干擾素經過聚乙二醇化變成長效干擾素，即長效干擾素加利巴韋林治療，通過肌注、皮下注射給藥。利巴韋林可以靜注，也可以口服，可獲得長期持續應答的40%-74%，即最多74%患者可以達到臨床治癒。

隨著科技發展，出現直接抗病毒的藥物，包括蛋白酶合成抑制劑，可直接殺滅丙肝病毒，療效超過原來的方法，治癒率可達到90%以上。但應該到正規醫院進行專科治療，直接抗病毒藥物在使用之前要做相關檢查和評估，包括丙肝基因型、是否合併其它疾病、肝功能狀況、腎功狀況等。也可以選擇泛基因型藥物，即所有基因型都可以用這種藥物治療，前提是在正規醫院進行評估以後，選擇這種藥物治療。