膽管癌手術後可能會復發，癌症之所以是癌症，具有容易復發、轉移、浸潤、生長及其他器官侵襲的惡性生物學特徵。膽管癌是惡性腫瘤中侵襲性較強，即惡性程度較高。接受完手術之後，切除原發的癌變病灶，這種情況對於散落在周圍的潛在癌細胞，肉眼看不見的細小癌細胞，手術不可能將其清除。

臨床上也有專門一種叫亞臨床病灶的說法，要求在手術之後使用放化療來進一步治療，防止腫瘤病灶在短期內快速復發，但是無論如何，很難阻止癌症在手術以後完全不復發。