肝內膽管結石屬於膽石病的一種，其主要的成分是膽色素結石，因此肝內膽管結石飲食和膽囊結石以及肝外膽管結石是一樣的。首先應當注意飲食規律，避免暴飲暴食，避免飲酒。其次還應當以清淡、易消化飲食為主，可以多進食水果、蔬菜、瘦肉、魚肉、豆製品等，比如芹菜、油菜、菠菜、白菜、牛肉，雞肉等。

避免進食高脂油膩食物，比如肥肉、動物內臟以及魷魚等；也應當避免進食一些煎炸的快餐類食品，比如雞柳、漢堡、披薩。不過肝內膽管結石的形成和膽道解剖異常有一定關係，對於有臨床症狀的肝內膽管結石還應當給予及時治療，即使注意飲食也有可能造成膽管炎的反覆發作，最終會造成膽管狹窄、肝臟萎縮，甚至引起膽管細胞性肝癌，造成非常嚴重的後果。