肝內膽管結石治療的費用有時很難判斷。簡單的肝內膽管結石有時通過一次手術治療即可達到臨床治癒，整體的花費大概在1萬元。而複雜的肝內膽管結石不僅可以造成膽管狹窄和膽管擴張，還容易造成肝臟萎縮，甚至引起膽管細胞性肝癌。

對於瀰漫性肝內膽管結石有時一次手術處理無法治癒，還需要通過多次手術才能達到較好的臨床緩解。因此總體的花費可能達到3萬-5萬元，甚至更高。如果肝內膽管結石合併膽管炎，尤其是急性梗阻性化膿性膽管炎時，會造成全身多器官功能不全，治療的費用也會出現明顯地增加。對於老年患者有可能需要在重症監護室觀察一段時間，總體的花費甚至達到10萬元以上。