肝門部膽管癌是一種治療難度較大的癌症，其發展到晚期，一般會造成極差的預後，即病人會在晚期時發生死亡。肝門部膽管癌發生到晚期，會併發身體其他器官的功能衰竭，包括肝功能衰竭、腎功能衰竭，甚至心功能和呼吸系統功能的衰竭。由於多器官功能的衰竭，病人逐步走向死亡。另外，死亡的原因，可能是肝門部膽管癌發展到晚期之後造成的黃疸，即膽管堵塞又合併細菌感染，病人會發生劇烈的腹痛，還有寒戰、高熱等炎症，或者是細菌入侵的表現。細菌進入病人的血液之後，可以併發嚴重的膿毒症，從而造成感染性休克，導致病人直接死亡。因此對於肝門部膽管癌而言，一般發展到晚期，除多器官功能衰竭之外，還容易造成細菌感染引起的死亡。

對於肝門部膽管癌病人的晚期情況，應該對病人做好良好的引流工作，無論放支架，還是穿刺引流，都可以儘量減少黃疸的發生，使肝功能衰竭進一步延緩，提高生存期。除此之外，也可以對此類病人進行身體的支持治療，即補充營養，還可以通過現在最新的基因檢測手段，尋找有效的靶向治療藥物和免疫治療藥物，儘量控制腫瘤的發展，延長病人的生存時間，改善病人的預後，給予晚期的肝門部膽管癌病人更好的生存質量。