膽管細胞癌晚期患者治療以基本的化療為主，會有一定的療效，但整體有效率不是很高，因為膽管腫瘤是乏血供腫瘤，藥物難以到達癌灶，使癌灶處於一個比較高的藥物血液學濃度。但也有一些循證醫學的證據表明，術後患者進行輔助化療，比單純進行手術切除療效更好。對於有淋巴結轉移或血管侵犯的患者，建議儘量進行術後輔助化療。

晚期的膽管細胞癌目前化療是以吉西他濱、氟尿嘧啶和鉑類聯合治療為基礎，治療目標主要是延長生存，提高患者的生活質量。隨著醫學的進步，現在靶向藥物及免疫治療藥物對於膽管細胞癌的患者也有比較好的療效，通常在臨床上可以考慮使用化療和免疫聯合，或化療和靶向、靶向和免疫聯合的不同組合方式，對膽管細胞癌的患者進行治療。