膽管細胞癌可起源於肝臟內部膽管，也可以起源於肝外膽管。起源於肝臟膽管細胞的腫瘤，統稱為膽管細胞癌。

由於抗病毒治療與積極干預等，肝細胞肝癌已逐年減少，但膽管細胞癌發生率卻有所提高。引起膽管細胞癌主要因素包括膽道寄生蟲病，如血吸蟲病。膽管囊腫包括先天性與後天性，膽管結石，乙型肝炎等，均可引起膽管細胞癌發病率增高。近來研究發現，代謝狀況與膽管細胞癌發生也存在密切關係，比如飲酒，酒精慢性中毒、肥胖、吸菸等可能與膽管細胞癌均存在一定關係。