膽管細胞癌治療首選手術治療。膽管細胞癌根據解剖位置，可分為肝內膽管細胞癌以及肝外膽管細胞癌。膽管細胞癌首選手術治療，但是膽管細胞癌在發現時，大概只有10%-20%人可接受手術治療。因為膽管細胞癌為高度惡性腫瘤，在疾病早期即有可能發生遠處轉移，因此早診斷、早發現、早治療是治癒膽管癌的重要措施。

具體治療方式要根據膽管癌部位進行。如發生在肝臟內部的膽管細胞癌，有效辦法為手術切除，發生在肝門部，即進行肝門部膽管根治術，遠端膽管癌即進行胰十二直腸切除術。