膽管細胞癌為高度惡性腫瘤，進展較快。通常膽管性細胞癌5年存活率幾乎為0，從診斷到死亡，自然病程不超過1年。因此積極治療，早期診斷、早期發現較為重要。由於為高度惡性腫瘤，並且可能早期伴淋巴結轉移，因此手術切除後1-2年複發率可能高達30%，5年複發率可能高達80%，因此膽管細胞癌發展速度較快。

常規採取手術治療後，膽管細胞癌患者標準治療為化療，若存在淋巴結陽性有轉移，建議進行放射治療。近年來免疫治療在膽管癌治療中出現良好效果。對於膽管癌治療，為阻止膽管細胞癌快速進展，降低複發率，治療方案為手術治療並且儘量給予輔助放化療。